Para el contenido de la formación espiritual destacamos algunos aspectos importantes:

a) Aprender a buscar a Cristo en la reflexión e interiorización de la Palabra de Dios, en la activa comunicación con los santos misterios de la Iglesia, sobre todo en la Eucaristía y el Oficio Divino, y en el servicio de la caridad a los más pequeños
b) La finalidad última de la vida espiritual no es otra que vivir íntimamente unidos a Jesucristo como amigos; vivir según la vida nueva de la gracia que hace hijos de Dios. Es una vida comenzada y enraizada en el bautismo, y alimentada por la Eucaristía, renovada cada día y que abarca el ser y el obrar.
c) Por encima de las prácticas de oración y de piedad, se debe conocer y experimentar el sentido auténtico de la oración cristiana, el de ser un encuentro vivo y personal con el Padre, por medio del Hijo Unigénito, bajo la acción del Espíritu; un diálogo que participa del coloquio filial que Jesús tiene con el Padre.
d) Amar y venerar con filial confianza a la Santísima Virgen María, a la que Cristo muriendo en la cruz nos entregó como madre.
e) Llegar a un encuentro vivo y personal con Dios Uno y Trino, en Jesucristo, ducándose en el significado profundo del valor humano y religioso del silencio, como atmósfera espiritual indispensable para percibir la presencia de Dios y dejarse conquistar por ella.
f) Brindar una adecuada educación y participación litúrgica, en el sentido pleno de una inserción vital en el misterio pascual de Jesucristo, muerto y resucitado, presente y operante en los sacramentos de la Iglesia, que va unida y se prolonga en la vida diaria, vivida en la santidad y en el don de sí por la caridad para gloria de Dios y salvación de los hombres.
g) Esto que se refiere a la liturgia en general vale particularmente para la celebración litúrgica de la Eucaristía, que tiene una importancia esencial en la formación espiritual de los seminaristas, y debe ser el momento primordial de su jornada, participando de modo activo y diario
h) La formación para el Oficio Divino está unida a la formación para la liturgia de los sacramentos y en particular de la Eucaristía, porque la función sacerdotal de Cristo se prolonga a través de su Iglesia que sin cesar alaba al Señor e intercede por la salvación de todo el mundo; así, el Oficio Divino es complemento necesario del acto perfecto del culto divino que es el Sacrificio Eucarístico.
I) En la celebración de los sacramentos es necesario invitar a redescubrir la belleza y la alegría del sacramento de la reconciliación. En la sociedad actual, que han perdido el sentido del pecado y por tanto la alegría consoladora del perdón, urge educar a los futuros presbíteros en la virtud de la penitencia.
j) Del sacramento de la Reconciliación proviene también el significado de la ascesis y de la disciplina interior, el espíritu de sacrificio y de renuncia, la aceptación de la fatiga y de la cruz.
k) Dado que el sacerdote es el hombre de la caridad pastoral y su misión es educar a los demás en la imitación de Cristo, en el mandamiento nuevo del amor fraterno, la formación espiritual tiene que incluir una seria formación en la caridad, en particular un amor preferencial por los pobres, en los que de modo especial Cristo se halla presente (Mt 25,40), y un amor misericordioso y lleno de compasión por los pecadores. La entrega generosa y gratuita por la caridad es promovida y favorecida por la vida comunitaria. En esta perspectiva y, camino a la caridad para el encuentro vivo con Cristo, se centra la educación a la obediencia, celibato y pobreza.
C) Dimensión intelectual (OT 13 – 18; PDV 51-56)
La formación intelectual es un elemento necesario e insustituible para el futuro pastor, ya que es propio de la inteligencia humana poder abrirse al conocimiento de Dios y adherirse a Él. Además encuentra su justificación en la naturaleza misma del ministerio sacerdotal, y se muestra especialmente urgente en la situación actual, marcada por la indiferencia religiosa y la desconfianza-hasta llegar incluso a la negación – de la verdadera capacidad de la razón para alcanzar la verdad objetiva y universal; a lo cual se añade el fenómeno del pluralismo que requiere un especial discernimiento crítico. Es un elemento verdaderamente esencial, no sólo en cuanto que el estudio ocupa gran parte del tiempo del seminario, sino por su finalidad, pues a través de él, en particular de la teología, el futuro sacerdote se adhiere a la Palabra de Dios, crece en su vida espiritual y se dispone a realizar su ministerio pastoral.
Nuestro objetivo trazado para esta dimensión es: Desarrollar en el seminarista la capacidad de conocer y amar la verdad mediante un estudio amplio y sólido de las ciencias humanas y sagradas, para que adquiriendo la sabiduría del Buen Pastor, anuncie el Evangelio, guíe al pueblo de Dios y dialogue con las culturas.

El itinerario de la formación intelectual pide hacer algunas consideraciones importantes:

Para el curso propedéutico

a) La formación intelectual inicia con un período propedéutico que se realiza durante el curso introductorio.
Entre sus contenidos más importantes están: la formación humana, el Misterio de la salvación, la ubicación de los alumnos en el sentido y orden de los estudios eclesiásticos, la profundización en la vida de fe y el discernimiento vocacional.
b) Es importante señalar que para ingresar al seminario se suponen los estudios de Preparatoria o su equivalente, en los que el alumno debe haber conseguido la formación humanística y científica básica; sin embargo, en la práctica se constata que la mayoría de los candidatos proviene de escuelas tecnológicas en las que la formación humanística es muy pobre. Por tanto, se ha de diseñar un programa de nivelación para los aspectos de mayor necesidad, que preparen a los estudios posteriores.

Para el estudio de la Filosofía

a) Por el estudio de la filosofía, momento esencial de la formación intelectual, los alumnos deben ser conducidos a un conocimiento sólido y coherente del hombre, del mundo y de Dios; es decir, un conocimiento profundo de la persona y de su libertad en sus relaciones con el mundo y con Dios.
b) El hábito de una sana filosofía da al alumno la conciencia de la relación constitutiva que existe entre el espíritu humano y la verdad, garantiza la certeza de la verdad, es decir la capacidad de la inteligencia de poseer la verdad de las cosas, lo que ellas realmente son, es decir alcanzar el sentido del ser. Como consecuencia se estará capacitado para discernir y realizar juicios objetivos y sólidos de las cosas y en particular de los problemas y situaciones de la vida, sin ser zarandeados por cualquier corriente de pensamiento, absolutización o reduccionismo de la verdad.
c) Se debe llegar a tener una especie de veneración amorosa de la verdad que lleva a reconocer que ésta no es creada y medida por el hombre, sino que es dada al hombre como don por la Verdad Suprema, Dios, que, aún con limitaciones y a veces con dificultades, la razón humana puede alcanzar la verdad objetiva y universal, incluso la que se refiere a Dios y al sentido radical de la existencia.
d) El estudio de la filosofía es necesaria también para prepararse adecuadamente para un diálogo fructuoso y eficaz con los hombres de nuestro tiempo, como lo exige el ministerio apostólico; exigencia particularmente urgente hoy día por la situación cultural que exalta el subjetivismo como criterio y norma de la verdad.
e) De especial importancia reviste el conocimiento de la filosofía sistemática en todas sus partes; apoyados en la vía segura del patrimonio filosófico siempre válido, cuyosrepresentantes son los más grandes filósofos cristianos que han transmitido los primeros principios filosóficos, que poseen fuerza perenne por estar fundados en la naturaleza misma. En particular, la filosofía de Santo Tomás, por su espíritu de apertura y universalismo, posee principios válidos y actualizables para responder a laproblemática actual.
f) En la coordinación de los estudios filosóficos y teológicos deben conservarse la armonía de ciertos elementos. Por un lado, hacer un estudio de estas ciencias de manera profunda, en toda su extensión y con su propio método; por otro lado, cada una con su aporte y, especialmente la filosofía, prepara para los estudios teológicos.
Ambas, en un todo armónico, deben conducir al único fin de la formación doctrinal en los Seminarios, es decir, descubrir el misterio de Cristo, que afecta a toda la historia del género humano que influye constantemente en la Iglesia y que actúa mediante el ministerio sacerdotal.
g) En el mundo contemporáneo se percibe una crisis de sentido que hunde sus raíces en una crisis en torno a la verdad; esta crisis se ubica en el contexto de la fragmentación debida en parte a una especialización extrema que se expresa en corientes inaceptables como el eclecticismo, historicismo, cientificismo, pragmatismo y nihilismo. atentiendo a esta situación, y a otras de carácter contextual no menos graves, la filosofía en la actualidad debe ser capaz de dar el paso del fenómeno al fundamento, ser buscadora de sentido, otorgar unidad al saber y al obrar sin negar la pluralidad, asentar las bases epistemólogicas que demuestren la capacidad del intelecto de alcanzar la verdad objetiva, renovar la metafísica y se buscadora del bien que se va a practicar.
h) La filosofía tiene en nuestro seminario singular importancia como preparación para los estudios teológicos, y por eso, respetando la esencia y método propio de cada una, en su enseñanza se debe organizar de tal manera que ayuden al alumno a penetrar y vivir más profundamente su fe. La fe que por su misma naturaleza tiende a buscar su inteligencia, es decir, una cierta comprensión de los misterios: ya que la fe no puede prescindir de la razón ni del esfuerzo de pensar sus propios contenidos. Es importante señalar que existen ciertos autores o corrientes filosóficas que se deben ubicar críticamente, ya que niegan este fundamental aspecto.

Para el estudio de la Teología

a) La Sagrada Doctrina y la Teología constituyen lo más propio y específico de la dimensión intelectual del futuro pastor. Su finalidad es que, con la luz de la fe y la guía del Magisterio de la Iglesia, los alumnos deduzcan cuidadosamente la doctrina católica de la divina revelación, penetren en ella profundamente, y la conviertan en alimento de la propia vida espiritual y puedan en su ministerio sacerdotal anunciarla, exponerla, testimoniarla y defenderla. De aquí que el teólogo es ante todo un creyente, un hombre de fe.
b) La teología ha de enseñarse a la luz de la fe, a partir de una comprensión cada vez más profunda de la Palabra de Dios, contenida en la Escritura y transmitida por la Tradición viva de la Iglesia bajo la guía del Magisterio. No existe un magisterio paralelo de los teólogos, sino el único magisterio de Pedro y los Apóstoles, el del Papa y los obispos. De aquí que la verdadera teología siempre distinguirá cuidadosamente la doctrina común de la Iglesia, de las opiniones de los teólogos y de las tendencias de moda.
c) Se debe unir reflexión y oración, de tal modo que en la preparación doctrinal los alumnos deben encontrar el alimento de una sólida vida espiritual. La formación intelectual teológica y la vida espiritual, en particular la vida de oración, se encuentran y refuerzan mutuamente, sin quitar por ello nada a la seriedad de la investigación ni el gusto espiritual de la oración.
d) La teología, por tener su fuente y su fin en la fe, ayuda a desarrollar un grande y vivo amor a Jesucristo y a su Iglesia; pues la fe opera una relación personal del creyente con Jesucristo en la Iglesia. Por la fe se acepta y se presta adhesión a la Palabra de Dios, y por tanto a Jesucristo Palabra de Dios Encarnada; el creyente entra en la Iglesia, comunidad de fe.
e) Debe enseñarse en teología todas las materias con sus contenidos correspondientes, prestando especial atención a la íntima unidad y armonía de toda la doctrina de la fe, de manera que los alumnos comprendan que están aprendiendo una ciencia única. Deben alcanzar una visión de las verdades reveladas que sea a la vez completa unitaria y orgánica. El alumno debe elaborar una síntesis con las aportaciones de las diversas disciplinas teológicas en una profunda coordinación de todas ellas.
f) La teología tiene como principales fuentes el estudio de la Sagrada Escritura, de los Padres de la Iglesia y de la Liturgia, de la historia eclesiástica, de las declaraciones del Magisterio. También debe ocuparse del estudio del hombre como interlocutor de Dios. De aquí el estudio de la dogmática, de la teología moral, de la teología espiritual, del derecho canónico y de la teología Pastoral.